Несмотря на то, что архитектура Alpha, в отличие от архитектуры VAX, была объявлена открытой, консорциум по её развитию так и не был создан, поэтому исследовательско-проектировочные работы велись усилиями DEC, иногда совместно с Mitsubishi. В конечном итоге получалось, что ключевые разработки патентовались соответствующим образом и подлежали платному лицензированию, если вообще подлежали. Излишне уточнять, что такая политика мало способствовала успешному продвижению архитектуры на рынке.

Далее, архитектура Alpha официально поддерживала три операционные системы: Windows NT, Digital UNIX (также известная как OSF/1, позже как Tru64 UNIX) и OpenVMS, причём именно в таком порядке приоритетности. Разумеется, Windows NT была продуктом от Microsoft, в то время как две другие ОС были разработаны в DEC. Однако недостатков у Windows NT было немало. Эта ОС не поставлялась с набором средств для разработки программного обеспечения (компиляторами, ассемблерами, отладчиками, пр.), а потому зависела от готового ПО, преимущественно коммерческого. Фактически же количество доступного ПО для архитектуры Alpha было в несколько раз меньше аналогичного показателя для архитектуры i386. Правда, в 1996 году командой Антона Чернова (Anton Chernoff) был выпущен FX!32, замечательный эмулятор и транслятор кода архитектуры i386 в «родной» для архитектуры Alpha, однако падение производительности по сравнению с изначально «родным» кодом как минимум на 40% было неизбежным. Ещё хуже обстояло с драйверной поддержкой, так как немногие производители сочли нужным поддерживать архитектуру Alpha. Для полноты картины осталось заметить, что Windows NT (3.51 и 4.0) была 32битной ОС, даже несмотря на то, что работала на 64-битной архитектуре. Вполне естественно, что это отнюдь не прибавляло производительности. Что касается Digital UNIX и OpenVMS, то эти 64-битные ОС так и не смогли составить достойной альтернативы Windows NT в силу дороговизны (свыше 1000 $ за одну копию), а также ещё более узкой аппаратной и программной поддержки. Другие же UNIX-подобные ОС с открытым кодом (NetBSD, Linux, OpenBSD и FreeBSD) не поддерживались DEC вообще. Мотивы не совсем ясны, но определённо эти ОС могли составить достойную конкуренцию Digital UNIX и OpenVMS.

В мае 1997 года DEC подала в суд на Intel, обвиняя последнюю в нарушении 10 патентов на архитектуру Alpha при проектировании процессоров Pentium, Pentium Pro и Pentium II. В сентябре того же года Intel ответила встречным иском, обвиняя в нарушении 14 своих патентов. Примирение произошло 27 октября 1997 года, когда обе компании отозвали свои претензии. По условиям «мирного договора» DEC предоставила Intel производственные права на всю свою продукцию (кроме непосредственно относящейся к архитектуре Alpha), также согласилась поддерживать в будущем архитектуру IA-64, в то время как Intel выкупила у DEC за 625 млн. долл. США её фабрику в Хадсоне вместе с проектными центрами в Остине (Техас) и Иерусалиме (Израиль), а также обязалась производить процессоры Alpha в будущем. Для полноты картины был подписан договор о кросс-лицензировании патентов сроком на 10 лет.