Fujitsu наряду с остальными компаниями приняла решение использовать при производстве своих FM Towns компоненты IBM PC-совместимых ПК. В результате её собственные компьютеры лишились всего того, что делало их столь уникальными и неповторимыми.

В ноябре 1993 года Fujitsu объявила о выходе в свет второго поколения FM Towns. Новые модели компьютера оснащались процессором i486 с частотой 25-66 МГц, 2-скоростным приводом CD-ROM, а старшие модели ещё и комплектовались мониторами с разрешением 1024х768 и поддержкой 16,7 миллиона цветов. Ну и, наконец, наиболее важное новшество – совместимость с DOS/V, вследствие чего на компьютер могла быть установлена не только DOS производства IBM или Microsoft, но и Windows 3.x. FM Towns II выпускались не только в стандартных корпусах типа «башня» с вертикальным приводом компакт-дисков, но и в настольных корпусах, а также в моноблочном варианте со встроенным в корпус монитором.

Первые модели второго поколения стали «лебединой песней» оригинальной архитектуры FM Towns. В последующих моделях Fujitsu приняла решение полностью отказаться от собственных разработок, в результате чего платформа лишилась своих графических и аудиочипов, обзаведясь взамен стандартными для персональных компьютеров того времени шинами VLB и EISA для подключения плат сторонних разработчиков.

Компания также начала проводить активное снижение себестоимости производства своих компьютеров. Вместо покупки необходимых компонентов у японских производителей Fujitsu обратила свой взор на Юго-Восточную Азию, где их стоимость была на 20-30% ниже. Производство аппаратной части базировалось в Таиланде, а финальная сборка перекочевала на Тайвань. В течение короткого срока в компьютерных системах Fujitsu осталось менее 10% японских компонентов. Наконец, компания вложила сотни миллионов долларов в рекламную кампанию, а также в создание новых каналов для дистрибуции.

В результате к 1995 году доля Fujitsu на рынке персональных компьютеров достигла 18,2%, в результате чего она вновь заняла вторую строчку списка крупнейших поставщиков ПК в Японии, отодвинув на третье место Apple и приблизившись к NEC.

Выпуск персональных компьютеров под маркой FM Towns продолжался до лета 1997 года, когда на свет появилась последняя модель, оснащённая процессором Intel Pentium MMX с частотой 200 МГц. Спустя некоторое время Fujitsu свернула создание собственных ПК и переориентировала своё производство на выпуск ноутбуков под торговой маркой Lifebook, а также различной цифровой техники. Новое компьютерное подразделение под названием Fujitsu Siemens Computers, сформированное в 1999 году совместно с немецкой компанией Siemens AG, дало жизнь десяткам новых персональных компьютеров и ноутбуков, однако название FM Towns больше ни разу не всплывало в продуктовой линейке компании.